Di tengah pertempuran menentang pemimpin Parti Liberal Ichirō Ozawa, Perdana Menteri Keizō Obuchi mengalami strok dan pendarahan otak pada 2 April 2000 dan tidak dapat meneruskan tugasnya. Kabinet mengadakan mesyuarat tergempar dan meletakkan jawatan secara beramai-ramai. Mori, yang merupakan Setiausaha Agung Parti Liberal Demokratik (LDP), dilantik dengan sebulat suara sebagai Presiden parti, dan menjadi Perdana Menteri dengan undi LDP, Komeito Baru dan Parti Konservatif Baru (terdiri daripada ahli yang meninggalkan parti Ozawa pada 3 April). Mori mengumumkan bahawa beliau akan mengekalkan kabinet Obuchi.[10]